NEW YORK – Laut einer Studie zweier Forscher am European Bioinformatics Institute des European Molecular Biology Laboratory ermöglicht eine neue Reihe von Analysewerkzeugen die systematische Suche nach Verbindungen zwischen Kopienzahlvarianten und komplexen menschlichen Merkmalen oder Zuständen.„Wir stellen einen robusten CNV-zu-Phänotyp-Entdeckungsprozess vor, der [Sequenzierungs-]Informationen der nächsten Generation verwendet, die analog zu den traditionellen SNP-basierten GWAS sind“, die Autoren Tomas Fitzgerald und Ewan Birney, beide am EMBL-EBI, schrieben am Mittwoch in Cell Genomics und stellten fest, dass der Ansatz „die langjährige Verwendung von CNV bei der Entdeckung seltener Krankheiten ergänzt und eine hochauflösendere Sicht auf gängige CNV bietet als etablierte SNP-Array-basierte Methoden“.Mit ihrem Toolset „Copy Number Estimator“ (CNest) analysierten die Forscher die Variation der Kopienzahl in Exomsequenzen für 200.629 exomsequenzierte und phänotypisierte UK Biobank-Teilnehmer und nutzten die von ihnen identifizierten Varianten für eine kopienzahlbasierte genomweite Assoziationsstudie (CNwas) umfasste Dutzende menschlicher Merkmale sowie ihre Beziehungen zu SNP-Varianten.„Obwohl weithin anerkannt ist, dass CNV erheblich zu Unterschieden in menschlichen Merkmalen beitragen kann, wurden Methoden für groß angelegte CNV-zu-Phänotyp-Assoziationsstudien, das Äquivalent von GWAS für CNVs, bisher durch eine Reihe von Faktoren behindert, darunter methodische Schwierigkeiten, die Verfügbarkeit ausreichend großer Datensätze und die Fähigkeit, komplexe Umlagerungen aus Sequenzierungsdaten zu interpretieren“, erklärten die Autoren und nannten CNest „eine neue Entdeckungsmethode … basierend auf neuartigen Normalisierungstechniken für große Kohorten“.Die CNwas des Teams führte zu 646 signifikanten Assoziationen zwischen CNVs und den betrachteten Merkmalen, während die anschließenden Fine-Mapping-Analysen 862 CNV-bezogene Assoziationen hervorhoben.Die Ermittler warnten davor, dass eine Teilmenge dieser Beziehungen auf nahe gelegene SNPs zurückgeführt werden könnte, obwohl die Assoziationsstudie auch CNVs mit zuvor unbeachteten Auswirkungen auf menschliche Merkmale und ihre potenziellen Verbindungen zu komplexen menschlichen Zuständen hervorhob.„Viele dieser Assoziationen rekapitulieren mehrere bekannte Assoziationen, die auf früheren Studien zu CNV- und SNP-Genomassoziationstests basieren“, berichteten die Autoren, „während andere neue CNV-spezifische Erkenntnisse in Bezug auf die Genetik gemeinsamer menschlicher Merkmale entdecken.“Die Forscher stellten fest, dass CNest innerhalb von Standards verwendet werden kann, die von der Global Alliance for Genomics and Health festgelegt wurden, und dass die Methode es ermöglichen sollte, noch andere informative CNVs in großen Kohorten aufzudecken.„Wir ermutigen die Gemeinschaft, die Entdeckungen, die wir in diesem Papier gemacht haben, zu untersuchen, CNest zu verwenden, um mehr CNV-Assoziationen sowohl in [der] britischen Biobank als auch darüber hinaus herzustellen, und dazu beizutragen, die CNest-Methode weiter auszubauen, um eine umfassendere Sicht auf den Menschen zu ermöglichen Variation", schrieben die Autoren und stellten fest, dass die "Fähigkeit, SNPs und CNVs im selben Framework gemeinsam zu modellieren, die Integration dieser beiden Arten von Variationen leichter ermöglichen wird".Datenschutz-Bestimmungen.Terms & amp; Bedingungen.Copyright © 2022 GenomeWeb, eine Geschäftseinheit von Crain Communications.Alle Rechte vorbehalten.